Okulumuzun binası Çekerek Yatılı İlköğretim Bölge Okulu olarak 1999-2000 eğitim-öğretim yılında hizmete açılmıştır. 2012-2013 Eğitim-Öğretim yılında Çekerek YİBO eğitim öğretime kapatılarak Çekerek İmam Hatip Ortaokulu olarak tekrar başlamıştır. Okulumuza 5.sınıfların kayıtları yapılmıştır.
Okulumuz bahçesinde öğrencilerin oyun alanı olarak kullandıkları voleybol ve basketbol sahaları da mevcuttur.